这两种检查都是临床上常用的影像学检查，可以看看大脑的结构。需要根据具体的头痛原因来选择CT或者是磁共振检查。
如为急性外伤引起的头痛，可先做CT检查，排除有颅内损伤或出血。其它病因头痛最有效的磁共振检查，磁共振检查血管神经等引起的头痛效果优于CT。医师会根据病人的具体情况选择合适的检查方法，病人要遵医嘱进行相关检查。
磁共振与CT成像原理，影像特征，适用场景有以下区别。
(1)影像原理不同:磁共振是利用人体内氢质子在外加磁场和射频脉冲的作用下产生信号，再重建成图像，但没有辐射性;CT是利用人体不同组织对X线吸收程度的不同，由探测器接受剩余X线并经计算机处理得到不同组织的吸收系数，经重建后的图像具有辐射性。
(2)图像特征不同:磁共振反映的是组织中氢质子共振信号强度的差异，多个序列反映了T1、T2等多个参数;CT反映的是组织密度的差别，反映的是单个参数，CT图像上黑色的部分代表低密度组织，白的部分代表高密度组织。
(3)和CT相比，磁共振有许多优点，包括:无辐射损伤、高软组织分辨率、多参数成像提供更多的信息等。但是它也有一些缺点，包括:磁共振禁忌症较多，心脏起搏器或体内有金属异物、幽闭恐惧症患者不适合做磁共振检查，但也有一些禁忌症，如:磁共振禁忌症患者、有心脏起搏器或体内有金属异物的患者、幽闭恐惧症患者不适合做磁共振检查。
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